刘莉莉，深圳理工大学合成生物学院科研助理教授，清华大学计算机科学与技术博士，曾赴耶鲁大学访学。曾任华为2012研究院高级工程师、中科院深圳先进技术研究院博士后。研究聚焦合成生物信号处理、基因线路理性设计与定量建模，融合计算方法与生物实验。以共同第一作者、共同通讯作者在Nature Communications发表生物运算放大器研究，具有人工智能与合成生物学交叉研究经验。

1. 基于合成基因线路的微生物空间图案形成与调控研究

2. 微生物合成生物学工具体系的标准化构建与定量表征研究

3. 合成生物信号处理与基因线路的理性设计

学习经历：

2012-2018：清华大学，计算机科学与技术，博士。导师：吴建平院士、李丹；

2016-2017：美国耶鲁大学，计算机科学，访问学生；

2008-2012：西安电子科技大学，通信工程，学士；

工作经历：

2025-至今：深圳理工大学，合成生物学院，科研助理教授；

2022-2025：中国科学院深圳先进技术研究院，博士后；

2018-2021：华为技术有限公司，2012研究院，高级工程师；

1）2025：中国科学院-马普学会定量合成生物学暑期学校，elevator presentation及海报展示；

2）2017：中国教育和科研计算机网（CERNET）第二十四届学术年会暨会员代表大会，口头报告；

3）2015：The 44th International Conference on Parallel Processing（ICPP），口头报告；

4）2014：The 20th IEEE International Workshop on Local and Metropolitan Area Networks（LANMAN），口头报告；

5）华为公司明日之星，中央软件院总裁奖，年度十大发明；

6）国家奖学金、西安电子科技大学优秀毕业生。

科研项目：

1. 国家重点研发计划“核酸类生物元件的设计与应用”（2024YFA0916700）。作为项目骨干参与课题三“响应型核酸元件与基因线路的设计与构建”；

2. 国家重点研发计划“重要病原核酸识别与示踪的合成生物传感体系”（2023YFA0915600），项目执行期：2023.12-2028.11。作为项目骨干参与课题一“功能性核酸酶元件的发掘与优化”；

3. 国家重点研发计划“自动化细胞设计流水线开发及应用”（2021YFF1200500），2021.12-2024.11。项目骨干；已结题。

代表性文章：

1.（共同第一作者、共同通讯作者）Cao, W.,Liu, L., Sun, Q., Shan, Y., & Chen, Y. (2025). A framework for complex signal processing via synthetic biological operational amplifiers. Nature Communications, 16, 7037. https://doi.org/10.1038/s41467-025-62464-9

2.（合作作者）Shao, B., Yan, J., Zhang, J.,Liu, L., Chen, Y., & Buskirk, A. R. (2024). Riboformer: a deep learning framework for predicting context-dependent translation dynamics. Nature Communications, 15, 2011. https://doi.org/10.1038/s41467-024-46241-8

3.（合作作者）Li, G., Qian, Y.,Liu, L., & Yang, Y. R. (2018). JMS: Joint Bandwidth Allocation and Flow Assignment for Transfers with Multiple Sources. 2018 IEEE 3rd International Conference on Data Science in Cyberspace (DSC), 123-130. https://doi.org/10.1109/DSC.2018.00026

4.（合作作者）Wu, J.,Liu, L., & Li, D. (2016). The road towards future Internet. Journal of Communications and Information Networks, 1(1), 86-97. https://doi.org/10.1007/BF03391548

5.（第一作者）Liu, L., Li, D., & Wu, J. (2015). TAPS: Software Defined Task-level Deadline-aware Preemptive Flow scheduling in Data Centers. 44th Annual International Conference on Parallel Processing (ICPP).

6.（合作作者）Zhu, M., Li, D., Liu, Y., Pei, D., Ramakrishnan, K. K.,Liu, L., & Wu, J. (2015). MIFO: Multi-Path Interdomain Forwarding. 2015 44th International Conference on Parallel Processing (ICPP), 180-189. https://doi.org/10.1109/ICPP.2015.27

7.（第一作者）Liu, L., Li, J., & Wu, J. (2014). TAPS: Task-Aware Preemptive Flow Scheduling. 20th IEEE International Workshop on Local and Metropolitan Area Networks (LANMAN).

8.（合作作者）Jiang, C., Liang, W., Xu, M., &Liu, L. (2014). MTR: Fault tolerant routing in Clos data center network with miswiring links. 2014 IEEE 20th International Workshop on Local and Metropolitan Area Networks (LANMAN), 1-6. https://doi.org/10.1109/LANMAN.2014.7028643

专利及专利申请：

1.陈业,刘莉莉, 操文军. 生物运算放大器及生物运算放大系统. 申请号：202510595826.5；公开号：CN120512106A；国际申请号：PCT/CN2025/093793。

2.沈利, 魏含宇, 胡寅亮, 谢安,刘莉莉. 一种用户信息扩散方法和网络设备.公开号：CN115701055A。

3.刘莉莉, 喻径舟, 陈哲, 王闯. 路由方法及相关设备. 专利号：ZL202110780197.5。

4.刘莉莉, 陈哲, 于德雷, 徐安民, 王闯. 发送报文的方法及装置.公开号：CN114070456A。

5.王闯, 于德雷,刘莉莉, 徐安民, 李金龙. 传输报文的方法及相关产品.公开号：CN113746603A。

6.陈哲, 万俊杰,刘莉莉, 黄小红. 一种数据传输方法及通信装置. 专利号：ZL202010374759.1。

7.姜文浩,刘莉莉, 张硕, 王皓, 郭兴民. 数据处理方法和装置. 专利号：ZL201911374249.8。

8.刘莉莉, 李锋, 王皓, 姜文浩, 郭兴民. 一种鉴权认证方法及装置. 专利号：ZL201911367427.4。

9.张志军, 姜文浩,刘莉莉, 郭兴民, 李锋. 呼叫需求响应方法、装置及电子设备. 专利号：ZL201911168219.1；国际公开号：WO2021104122A1。

10.刘莉莉, 李锦波, 李锋, 郭兴民, 姜文浩. 一种身份鉴权方法及装置. 专利号：ZL201910579196.7。

11.王皓, 许辰人, 陈朔, 祁建锋, 梁恒辉, 李小金,刘莉莉, 王冠. 一种数据传输方法及电子设备. 专利号：ZL201910016807.7；授权公告号：CN111416794B；国外授权专利：US11736224B2（美国）、EP3896925B1（欧洲）、JP7235871B2（日本）。

12.刘莉莉, 李丹, 郑凯, 萨依·卡姆帕里·查卡拉瓦图拉, 王凡钊. 一种数据传输方法及装置. 专利号：ZL201710184930.0；国际公开号：WO2018171332A1。

13.刘莉莉, 李丹, 吴建平. 一种数据中心中的任务级别的流调度方法. 专利号：ZL201510188559.6。